Sciences marines : Préparer le fichier d'import de fichiers multiples

Préparer le fichier d'import de fichiers multiples

Ce fichier listera tous les sous-echantillons d'un prélèvement de plancton (vignettes). Par conséquent, il devra être placé dans le dossier au chemin : Ref_echantillon/refechantillon.csv et être renommé avec la référence unique de l'échantillon avec l'extension ".csv".

a/ Prérequis

Disposer d'un ordinateur connecté à internet
Disposer d'un logiciel tableur. De préférence Libre Office
Avoir téléchargé le tableur de base :
- Tableau de base pour le Plancton ;
- Tableau de base pour les images de paysages sous-marins ;

b/ Préparations

Attention ! Il est important de renouveler cette manipulation pour chaque échantillon.

b.1. Les vignettes

Ouvrir le dossier contenant les images que l'on souhaite importer.
Lister les noms des fichiers ;

Linux-- Lister les fichiers contenues dans un dossier

Pour lister les fichiers contenues dans un dossier sous unix,

Ouvrir un terminal depuis le dossier en question ;
- Depuis l'explorateur de fichier, cliquer droit n'importe où. Sélectionner "Ouvrir dans un terminal"
- Ou ouvrir un terminal (ctrl + alt + t), puis naviguer jusqu'au dossier au moyen de la commande
```
cd chemin/du/dossier/
```
Entrer la commande
```
ls > nomsdefichiers.txt
```
. Cette action aura pour effet de créer un fichier ".txt" dans lequel seront listés tous les fichiers contenues dans le dossier.

Windows-- Lister les fichiers contenues dans un dossier

Cette fonction est inconnue sur Windows. Si vous savez faire, Merci de contribuer ici.
Sinon listez les noms de fichiers à la main ou passez à Linux ;-)

b.2. Préparer le tableur

Ouvrir le tableur ".ods".
Coller dans la première colonne (Titre de l'image) les noms de fichiers.

image Screenshot_from_20231204_211205.png (0.2MB)

Dans la seconde colonne (Référence de l'échantillon), entrer la référence de l'échantillon correspondant.
Copier cette référence à toutes les lignes jusqu'à la dernière ligne.

image Screenshot_from_20231204_210952.png (0.2MB)

Ne pas renseigner la colonne "Type de..."
Dans la quatrième colonne, entrer le nom de l'opérateur en entrant un nom parmis : Guillaume Leguen, Sailowtech, Marama. Attention à respecter la casse strictement (majuscules, minuscule, orthographe...) ;
Le contenu dans la colonne D doit être étiré à toutes les lignes sans en modifier le contenue.
La colonne E (Image) contient un calcul qui concatène simplement le nom du fichier au chemin. Il conviendra de l'étirer aussi à toutes les lignes.

image Screenshot_from_20231204_211100.png (0.3MB)

Enregistrer le fichier au format ".csv" en spécifiant les guillemets """ comme séparateurs de textes, les virgules "," comme séparateurs de champs et en veillant à bien activer la mise entre guillemets des cellules de textes.

image Screenshot_from_20231110_205745.png (30.5kB)

3/ Transfert des données

Pour chaque échantillon créer un dossier dans lequel seront placés les images et le fichier ".csv" correspondant.
Transférer ces données par un système de transfert comme swisstransfer.com par exemple.
Adresser ces données à l'équipe de préférence via le discord ou par mail.